Кратко

указать несколько секций [inputs.exec] и у каждой указать свой интервал.

Конфиг

[inputs.exec]
  commands = ["/etc/telegraf/telegraf.d/my-collector.sh 1m"]
  interval = "1m"

[inputs.exec]
  commands = ["/etc/telegraf/telegraf.d/my-collector.sh 10s"]
  interval = "10s"

Зачем такое может понадобиться

  1. у вас есть данные, редко изменяющиеся, либо требующие ресурсов и времени на сбор (обращения к внешним серверам)
  2. однако есть и данные, которые нужно собирать постоянно и которые собираются быстро (содержимое/размер текстовых файлов, счетчики)
  3. вы хотите изолировать сложность двумя местами: свой конфиг в telegraf.d и ваш скрипт-коллектор my-collector.sh. Что они там будут получать и какие метрики выплевывать - станет заботой тех частей приложения, которые они вызывают.